这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。
拉里·戈普尼克（迈克尔·斯图巴 Michael Stuhlbarg 饰）是美国明尼苏达州双城区某大学的物理教授，学校正决定是否颁发给他终身教授资格时，一位韩国学生向拉里抱怨考试评分不公，遭拒绝后则向拉里行贿。与此同时，拉里的妻子朱迪斯（莎瑞·莱尼克 Sari Lennick 饰）说她爱上了鳏夫塞·艾伯曼（弗雷德·迈拉麦德 Fred Melamed 饰），要求离婚。不仅如此，拉里的无业神经质哥哥亚瑟（理查德·坎德 Richard Kind 饰）越来越成为负担，儿子的犹太成人礼在即，女儿偷钱准备为鼻子做整容手
赞佩里尼（杰克·奥康奈尔 Jack O'Connell 饰）是一位长跑运动员，他热爱这项运动，并且有幸参加了1936年的柏林奥运会。1939年，第二次世界大战爆发，踌躇满志的赞佩里尼加入军队，为祖国报效，他成为了一名空军投弹手。 一次任务中，一场意外让赞佩里尼所驾驶的战斗机于海上坠毁，他和战友们在一艘小小的救生筏上度过了艰苦而又
